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高質(zhì)量水稻泛基因組構(gòu)建成功

時(shí)間：2022-05-08 11:39:28 來(lái)源： 中國(guó)科學(xué)報(bào)

111份水稻種質(zhì)的水稻泛基因組特征。中國(guó)農(nóng)科院供圖

相關(guān)數(shù)據(jù)對(duì)深度挖掘基因組變異和優(yōu)良基因，培育突破性的水稻新品種提供重要依據(jù)。相關(guān)研究成果在線發(fā)表在《基因組研究》（Genome Research）上。

據(jù)中國(guó)農(nóng)科院作物科學(xué)研究所研究員王文生介紹，該團(tuán)隊(duì)于2018年在《自然》上發(fā)表論文，對(duì)來(lái)自全球89個(gè)國(guó)家的3010份水稻進(jìn)行了重測(cè)序和大數(shù)據(jù)分析，這3010份水稻代表了全球78萬(wàn)份核心種質(zhì)約95%遺傳多樣性，構(gòu)建了首個(gè)完整的亞洲栽培稻泛基因組。但是此前的研究是基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)構(gòu)建的，相比而言使用三代測(cè)序技術(shù)構(gòu)建的數(shù)據(jù)質(zhì)量會(huì)更高。

此次研究構(gòu)建的泛基因組在原來(lái)的基礎(chǔ)上，增加了三代測(cè)序數(shù)據(jù)，因此構(gòu)建的泛基因組更準(zhǔn)確、更連續(xù)、更完整，包含879 Mb的非冗余新序列，涉及19319個(gè)新的蛋白質(zhì)編碼基因（2132個(gè)新基因家族）。

與二代測(cè)序數(shù)據(jù)相比，三代測(cè)序數(shù)據(jù)在檢測(cè)基因存在-缺失變異（PAV）時(shí)假陽(yáng)性率更低，尤其是對(duì)于包含重復(fù)序列的基因。此外，檢測(cè)到14471個(gè)存在—缺失變異與多個(gè)農(nóng)藝性狀有顯著關(guān)聯(lián)，表明基因存在—缺失變異對(duì)水稻表型變異可能具有重要貢獻(xiàn)。

該研究獲得的高質(zhì)量水稻基因組、泛基因組和基因存在—缺失變異等資源，有利于促進(jìn)水稻功能基因組研究，同時(shí)有助于深度挖掘基因組變異和優(yōu)良基因，對(duì)培育突破性的水稻新品種提供重要依據(jù)。

該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金、海南崖州灣種子實(shí)驗(yàn)室揭榜掛帥項(xiàng)目、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程和國(guó)家高層次人才支持計(jì)劃等項(xiàng)目支持。

相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1101/gr.276015.121

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