1948年12月17日，這里成為解放軍空軍在北京的一座軍用飛機場。1949年8月，中國人民解放軍第一個飛行中隊在南苑機場成立，并執(zhí)行了中華人民共和國開國大典的飛行任務。

自此之后，在歷年的國慶閱兵中，南苑機場一直都是空、地受閱部隊的訓練基地，擔負著保障空、地受閱部隊訓練的任務，飛機編隊從這里起飛，幾乎已經成了一種傳統(tǒng)。歷史上蘇聯(lián)最高蘇維埃訪問團、美國國務卿基辛格第一次來華等一些重要專機都在南苑機場降落。1986年，中國聯(lián)合航空有限公司成立后，南苑機場成為了軍民兩用飛機場，是中國聯(lián)合航空公司的主運營基地。

1990年2月23日，南苑機場內的“南苑兵營司令部舊址”成為市級文物保護單位。

2011年、2016年，南苑機場先后進行了兩次改擴建工程，機坪面積達10.2萬平方米，可供停放23架民航飛機，候機樓面積達2萬平方米。

2015年5月1日，中聯(lián)航宣布實行低成本運營模式，普通機票不包括免費餐食飲品、免費托運行李、自主選座等服務。

2018年，中聯(lián)航在南苑機場的航班起降達44468班次，旅客吞吐量約651萬人次，運輸貨郵約2.51萬噸。